Logiciel de comptabilité auto-entrepreneur : bien choisir en 2025

Dernière mise à jour le 28 mai 2025 · 7 min

Vous êtes auto-entrepreneur ? La gestion de votre comptabilité s’avère incontournable pour garantir la pérennité de votre activité. Heureusement, de nombreux logiciels de comptabilité pour auto-entrepreneur, gratuits ou payants, sont disponibles pour vous faciliter la tâche. Il est temps de faire le bon choix et de se simplifier la tâche ! Dans cet article, nous vous présentons les meilleurs outils adaptés à votre statut, leurs fonctionnalités, avantages et inconvénients. Gagnez du temps et ne vous trompez plus dans votre comptabilité !

La comptabilité des auto-entrepreneurs est simplifiée, on le sait. Néanmoins, elle n'en demeure pas moins obligatoire. De plus, la gestion quotidienne de la comptabilité peut rapidement devenir chronophage et source d'erreurs. C’est pourquoi, utiliser un logiciel de comptabilité présente plusieurs avantages.

Automatisation des tâches récurrentes

Les logiciels de comptabilité automatisent des tâches telles que :

• La création de devis et factures

• La synchronisation bancaire

• Ou encore la génération des déclarations fiscales

De plus, la génération automatique des déclarations URSSAF ou de TVA réduit le risque d'erreurs et favorise le respect des échéances fiscales.

Suivi en temps réel de l'activité

Un autre avantage majeur des logiciels de comptabilité est la possibilité de suivre en temps réel les indicateurs clés de l'activité. Grâce à des tableaux de bord intuitifs, l'auto-entrepreneur visualise son chiffre d'affaires, sa trésorerie, et l'état de ses factures en un coup d'œil. Cette visibilité permet de prendre des décisions éclairées pour le développement de l'entreprise. Clementine propose un tableau de bord complet pour suivre l'activité en temps réel.

Réduction des erreurs grâce à l'automatisation comptable

Les erreurs comptables, telles que les oublis de facturation ou les déclarations tardives, entraînent des pénalités financières. Par exemple, une déclaration de chiffre d'affaires en retard peut entraîner une pénalité de 58,9 € par déclaration manquante. L'utilisation d'un logiciel de comptabilité permet d'automatiser de nombreuses tâches comme la synchronisation bancaire, la génération de factures et les rappels d'échéances.

Conformité légale de votre micro-entreprise

Les obligations fiscales et sociales incluent la tenue d'un livre des recettes, l'établissement de factures conformes, la conservation des justificatifs, et la déclaration régulière du chiffre d'affaires.

Clementine facilite cette conformité en déployant des fonctionnalités adaptées aux exigences légales françaises. Le logiciel génère automatiquement les documents nécessaires, tels que les déclarations de TVA et les bilans comptables, en conformité avec les normes en vigueur. De plus, en cas de contrôle fiscal, Clementine vous accompagne pour vérifier la régularité de votre comptabilité.

💡 À savoir : Fin juin 2024, la France comptait 2,971 millions d'auto-entrepreneurs administrativement actifs. C’est une belle progression de ce statut ces dernières années. 

Avant de sélectionner un logiciel de comptabilité pour votre micro-entreprise, prenez en compte plusieurs critères pour bénéficier d’une gestion conforme à vos besoins d’auto-entrepreneur :

• Les fonctionnalités : facturation, synchronisation bancaire, déclarations URSSAF, etc.

• L’ergonomie : interface intuitive et facile à prendre en main.

• La tarification : gratuit ou abonnement mensuel.

• Le support client : disponibilité et réactivité de l'assistance.

• Et l’évolutivité : possibilité d'adapter le logiciel à la croissance de votre activité.

1. Clementine.fr : une solution complète

Clementine.fr est un expert-comptable en ligne certifié et basé en France. La solution propose un logiciel intuitif pour gérer votre comptabilité ainsi qu’un accompagnement comptable. Depuis début juin 2025, une version gratuite est disponible. Elle offre aux auto-entrepreneurs une solution complète sans frais.

Fonctionnalités principales de Clementine

• Synchronisation bancaire sécurisée

• Création de devis et factures en quelques clics

• Suivi en temps réel de votre activité via un tableau de bord

• Accompagnement par une équipe dédiée d'experts-comptables

• Application mobile pour gérer vo2tre comptabilité où que vous soyez

De plus, vous bénéficiez du support client très réactif et basé en France. Enfin, l’interface conviviale est facile à utiliser. Le logiciel proposé par Clementine.fr est parfaitement adapté aux auto-entrepreneurs qui souhaitent réaliser leur comptabilité de manière autonome, mais propose également un accompagnement comptable qui s’adapte à l’évolution de votre entreprise.

💡 À savoir : L’obligation de facturation électronique pour les auto-entrepreneurs sera effective dès 2027. Tous les auto-entrepreneurs devront émettre leurs factures via une plateforme certifiée, conformément à la réforme de la facturation électronique.

2. Sage : un acteur historique de la comptabilité

Sage est un éditeur de logiciels de comptabilité reconnu, notamment dans les TPE et PME. Il propose des solutions adaptées aux auto-entrepreneurs, avec des outils professionnels et conformes à la législation française.

Fonctionnalités principales de Sage

• Création de devis et factures conformes à la réglementation

• Gestion de la trésorerie et rapprochement bancaire

• Déclarations de TVA automatisées (selon l’offre choisie)

• Tableaux de bord financiers pour suivre l’activité

Avantages de Sage

• Interface fiable et riche en fonctionnalités

• Assistance technique et formation disponibles

Inconvénients de Sage

• Interface parfois jugée moins intuitive que les outils plus récents

• Tarification peu claire pour les micro-entrepreneurs

• Version gratuite non disponible, uniquement des essais ou offres payantes

3. Abby : le tout-en-un pour les auto-entrepreneurs

Abby est un logiciel de comptabilité tout-en-un spécialement conçu pour les auto-entrepreneurs. Il propose une version gratuite avec des fonctionnalités complètes.

Fonctionnalités principales d’Abby

• Création de devis et factures personnalisables.

• Synchronisation bancaire et catégorisation des transactions.

• Déclarations URSSAF en un clic.

• Suivi de votre chiffre d'affaires et de votre trésorerie.

Avantages d’Abby

• Interface simple et intuitive.

• Version gratuite sans engagement.

Inconvénients d’Abby

• Fonctionnalités limitées à la gestion d'une micro-entreprise.

• Pas adapté aux entreprises en croissance vers d'autres statuts juridiques.

4. Freebe : le choix des freelances

Freebe est un logiciel de comptabilité dédié aux freelances en micro-entreprise. Il propose une gestion simplifiée de votre activité avec des fonctionnalités adaptées.

Fonctionnalités de Freebe

• Création de devis et factures.

• Synchronisation bancaire.

• Déclarations URSSAF automatisées.

• Suivi de la trésorerie et des paiements.

Avantages de Freebe

• Automatisation des tâches administratives.

• Essai gratuit de 30 jours.

Inconvénients de Freebe

• Tarif mensuel après la période d'essai.

• Fonctionnalités limitées aux freelances en micro-entreprise.

5. Henrri : la facturation gratuite et illimitée

Henrri est un logiciel de facturation gratuit et illimité, conforme à la législation française. Il est particulièrement adapté aux auto-entrepreneurs débutants.

Fonctionnalités principales de Henrri

• Création de devis et factures personnalisables.

• Suivi des paiements et relances automatiques.

• Gestion des clients et des produits/services.

Avantages de Henrri

• Gratuit et sans limitation.

• Conforme à la législation française.

Inconvénients de Henrri

• Fonctionnalités limitées à la facturation.

• Pas de synchronisation bancaire ni de déclarations automatisées.

💡 À savoir : Taux de pénétration des logiciels de comptabilité : En 2024, seulement 32 % des auto-entrepreneurs en France utilisent un logiciel de comptabilité, ce qui indique une marge notoire pour l'adoption de ces outils numériques.

Avez-vous choisi le bon logiciel de comptabilité pour auto-entrepreneur ? Parmi les options disponibles, Clementine se singularise par son offre gratuite à partir de juin 2025, son interface intuitive et son support client réactif basé en France. 

👉 Prenez rendez-vous gratuitement avec un expert-comptable Clementine pour discuter de votre projet et découvrir notre logiciel.

Un logiciel de comptabilité est-il obligatoire pour un auto-entrepreneur ?

L'utilisation d'un logiciel de comptabilité n'est pas obligatoire pour les auto-entrepreneurs. Cependant, il est fortement recommandé pour faciliter la gestion comptable et être conforme avec les obligations légales.

Quelles sont les obligations comptables d'un auto-entrepreneur ?

Les auto-entrepreneurs doivent tenir un livre des recettes, conserver les justificatifs pendant 10 ans, établir des factures conformes et, pour certains, tenir un registre des achats.

Quels critères considérer pour choisir un logiciel de comptabilité ?

Il est important de vérifier les fonctionnalités proposées (facturation, synchronisation bancaire, déclarations fiscales), l'ergonomie de l'interface, la tarification, la qualité du support client et la capacité du logiciel à évoluer avec votre activité.

Existe-t-il des logiciels de comptabilité gratuits adaptés aux auto-entrepreneurs ?

Certains logiciels comme Clementine proposent des fonctionnalités gratuites adaptées aux besoins des auto-entrepreneurs, notamment en matière de facturation et de tenue de livres.