Auto-entrepreneur et facturation électronique : tout savoir

La facturation électronique transformera les obligations des auto-entrepreneurs dès septembre 2026. Pour un auto-entrepreneur, la facturation électronique deviendra progressivement incontournable, avec de nouvelles règles pour l’émission et la réception des factures via des plateformes agréées.

Voici l’essentiel à connaître pour comprendre si vous êtes concerné et comment vous y préparer dès maintenant.

Auto-entrepreneur et facturation électronique : êtes-vous concerné par la réforme ?

C’est la question que de nombreux auto-entrepreneurs se posent : qui est concerné par la réforme de la facturation électronique ? Faisons le point sur les profils concernés et les cas d’exclusion.

Les auto-entrepreneurs assujettis à la TVA

Tous les auto-entrepreneurs assujettis à la TVA et réalisant des opérations d’achats, de ventes de biens ou de prestations de services avec des entreprises françaises et assujetties à la TVA sont concernés par la réforme. 

Il convient ici de bien faire la distinction entre être assujetti (être dans le champ d’application de la TVA) et être redevable de la TVA (avoir l’obligation de collecter la TVA sur ses ventes et de la reverser à l’État). Ainsi, un auto-entrepreneur bénéficiant du régime de la franchise en base est assujetti à la TVA et peut donc être concerné s’il envoie des factures à des professionnels !

Les auto-entrepreneurs exerçant des opérations exonérées de TVA

Concernant les auto-entrepreneurs qui exercent des activités ou des prestations de services exonérées de TVA et dispensées de factures au titre des articles 261 à 261 E du Code général des impôts : ils seront dispensés de facturation électronique (e-invoicing) et de e-reporting pour ces opérations.

Sont notamment concernées les opérations suivantes : 

• les prestations de formation et d’enseignement ;

• les prestations effectuées dans le domaine de la santé par des professionnels médicaux, paramédicaux et sociaux (médecins, infirmiers, orthophonistes, etc.) ; 

• les organismes à but non lucratif (ONG).

Attention : ils devront tout de même émettre des factures électroniques pour les opérations réalisées qui ne seraient pas exonérées de TVA et être capables de recevoir des factures électroniques de la part de leurs fournisseurs. Cela signifie qu’ils doivent malgré tout choisir une plateforme agréée.

Les auto-entrepreneurs ayant pour clients des particuliers ou des organismes non assujettis

Si vos clients sont des particuliers ou des organismes non assujettis à la TVA (clients internationaux, ONG, clients établis en Guyane, en Nouvelle-Calédonie, à Mayotte, etc.), alors vous n’avez pas l’obligation d’émettre des factures électroniques. 

Cela signifie concrètement que vous pouvez continuer à envoyer des factures PDF ou papier à ce type de clients.

En revanche, vous devrez effectuer un e-reporting régulièrement, c’est-à-dire transmettre les informations concernant les transactions (leur montant, leur nature, etc.) pour lesquelles l’établissement d’une facture électronique n’était pas nécessaire à l’administration fiscale selon une fréquence définie en fonction de votre régime de TVA. 

👉 Vous souhaitez savoir si vous êtes concerné par la réforme de la facturation électronique ? Utilisez notre simulateur de facturation électronique.

Auto-entrepreneur et facturation électronique : qu’est-ce que cela changera pour vous ?

L’arrivée de la facturation électronique va nécessairement changer vos habitudes, puisqu’il en découle de nouvelles obligations.

La transmission et la réception de vos factures (e-invoicing)

Vous ne pourrez plus transmettre vos factures à vos clients professionnels en version papier, en PDF ou par mail. La transmission et la réception de vos factures devront désormais passer par une plateforme agréée (PA) ou un opérateur de dématérialisation (une solution connectée à une PA). On parle alors d’e-invoicing. 

De plus, les factures devront être émises dans l’un des trois formats acceptés :

• UBL ou CII : ces formats sont différents d’une simple facture numérique type PDF, car ils sont 100 % structurés, c’est-à-dire que les données sont en langage informatique et lisibles uniquement par les machines.

• Factur-X : il correspond à un fichier PDF lisible par l’humain auquel est rattaché un fichier de données structuré lisible par les systèmes informatiques et l’administration fiscale.

En pratique, vous n’aurez pas à choisir : votre logiciel ou plateforme s’en chargera pour vous.

L’e-reporting

Vous devrez transmettre à l’administration (par l’intermédiaire d’une plateforme) certaines données concernant les opérations commerciales qui ne sont pas soumises à la facturation électronique : leurs montants, les dates d’encaissement, etc. Les transactions concernées sont notamment : 

• les opérations de ventes et/ou de prestations de service avec des personnes non assujetties (des clients particuliers, par exemple) ;

• les transactions avec des entreprises étrangères. 

C’est ce qu’on appelle le e-reporting de transaction. Toutes les entreprises assujetties à la TVA et établies en France sont concernées, micro-entreprises incluses, lorsqu’elles réalisent ce type d’opérations. Concrètement, même si vous n’envoyez pas de facture électronique, vous devrez quand même transmettre un résumé de vos ventes à l’administration.

Il existe également le e-reporting de paiement. Il consiste à transmettre à l’administration fiscale les informations sur les encaissements lorsque la TVA est exigible au moment du paiement (notamment pour les prestations de services).

Concrètement, l’entreprise doit déclarer :

• la date d’encaissement

• le montant encaissé, éventuellement réparti par taux de TVA

Cela concerne toutes les ventes, quel que soit le client (professionnel, particulier, en France ou à l’étranger), dès lors que la TVA n’est pas due sur les débits ou en autoliquidation.

Si une facture électronique existe, l’information de paiement vient simplement compléter celle-ci (statut « encaissée »).

Les fréquences et délais de transmission des données varient en fonction du régime de TVA de chaque entreprise. Vous pouvez vous référer au tableau mis en ligne par le site des impôts ou sur France Num.

Auto-entrepreneur et facturation électronique : quelles sont les dates clés à connaître ?

Les deux dates à retenir pour les auto-entrepreneurs et la facturation électronique sont les suivantes : 

• 1er septembre 2026 : vous devrez être capable de recevoir des factures électroniques. Il faut donc choisir une PA avant cette date.

• 1er septembre 2027 : vous devrez obligatoirement émettre des factures électroniques.

Les risques en cas de non-respect des obligations de facturation électronique

Si vous ne respectez pas le calendrier mis en place pour la facturation électronique, vous vous exposez à des amendes : 

• 50 € par facture non émise au format électronique, dans la limite de 15 000 € par année civile.

• 500 € par transmission de données non réalisée (e-reporting), également plafonnée à 15 000 € par année civile.

• En cas d’absence de plateforme agréée pour recevoir vos factures :

  • 500 € après un premier délai de 3 mois ;

  • puis 1 000 € après 3 mois supplémentaires ;

  • puis 1 000 € tous les 3 mois tant que la situation n’est pas régularisée.

Au-delà des amendes, le principal risque est opérationnel : vous pourriez ne plus être en mesure de recevoir des factures valides ou de facturer vos clients professionnels.

Comment se préparer concrètement à la réforme en tant qu’auto-entrepreneur ?

La réforme de la facturation électronique approche progressivement. Voici les étapes que nous vous recommandons de suivre pour vous préparer à la réforme : 

Faire le point sur votre situation actuelle

Avant toute chose, vous devez comprendre dans quelle mesure vous êtes concerné. Posez-vous ces questions :

• Avez-vous des clients professionnels (B2B) ?

• Travaillez-vous uniquement avec des particuliers (B2C) ?

• Avez-vous des clients à l’étranger ?

• Êtes-vous exonéré de TVA pour vos opérations ?

Cela vous aidera à déterminer si vous serez concerné par :

• l’e-invoicing (factures électroniques obligatoires) ;

• et/ou l’e-reporting (transmission de données).

Vérifier ou faire évoluer votre outil de facturation

Si vous utilisez aujourd’hui Word, Excel, ou des factures PDF manuelles, un changement sera obligatoire.

Vous devez vérifier si votre outil actuel sera compatible avec la réforme ou envisager de passer à un logiciel adapté. L’objectif étant d’éviter une transition dans l’urgence à quelques jours du passage à la facturation électronique et vous permettre de vous familiariser avec l’outil en amont.

Choisir une plateforme agréée (PA) ou une solution compatible

Pour émettre et recevoir vos factures au format électronique, deux options s’offrent à vous : 

• Utiliser directement une plateforme agréée (PA) parmi celles de la liste disponible sur le site des impôts.

• Passer par un logiciel connecté à une PA (un opérateur de dématérialisation, aussi appelée solution compatible).

Prenez le temps de comparer les solutions disponibles et leurs tarifs, de vérifier leur conformité et de tester leur fonctionnement.

Mettre à jour vos pratiques de facturation

La réforme s’accompagne de nouvelles exigences, telles que le respect des formats électroniques imposés, mais également l’intégration de nouvelles mentions obligatoires sur vos factures : 

• le numéro de SIREN du client ;

• la mention de la catégorie de l’opération faisant l’objet de la facture (prestation de services, vente, ou à la fois une vente et une prestation de service distincte) ;

• l’adresse complète de livraison du bien, uniquement si elle est différente de l’adresse de facturation du client ;

• la mention relative à l’option de paiement de la TVA sur les débits le cas échéant.

Anticiper ces changements maintenant vous permettra d’éviter les erreurs plus tard.

Auto-entrepreneur et facturation électronique : comment choisir le bon logiciel de facturation électronique ?

Si vous n’utilisiez pas encore de logiciel de facturation, la réforme de la facturation électronique est le moment idéal pour franchir le pas. En effet, même si l’administration n’impose pas l’utilisation d’un logiciel (mais uniquement le recours à une plateforme agréée), s’équiper dès maintenant peut vous faire gagner un temps précieux au quotidien.

En optant pour une solution compatible (reliée à une plateforme agréée), vous ne vous contentez pas de créer des factures : vous pouvez aussi centraliser votre gestion (devis, suivi client, relances, etc.) et automatiser certaines tâches. 

Voici les critères que nous vous conseillons de prendre en compte pour choisir un logiciel adapté : 

Vérifier sa compatibilité avec la réforme

L’outil que vous utilisez actuellement ou que vous souhaitez utiliser doit : 

• être compatible avec une plateforme agréée (PA) ;

• gérer automatiquement e-invoicing + e-reporting ;

• proposer les formats obligatoires (Factur-X, UBL, CII).

Sans cela, il sera obsolète à compter du 1er septembre 2026.

Privilégier un logiciel simple d’utilisation

Nous vous conseillons de privilégier un outil intuitif et rapide à prendre en main. La transition vers la facturation électronique impose déjà de nouveaux réflexes de gestion, il est donc inutile de s’ajouter la complexité d’un logiciel fastidieux. 

Opter pour une solution qui permet l’automatisation des tâches

Un bon logiciel doit vous faire gagner du temps :

• création automatique des factures ;

• relances clients automatiques ;

• calculs automatiques (TVA, totaux, etc.) ;

• export comptable.

C’est là que vous gagnerez vraiment en productivité.

Choisir un logiciel avec une gestion complète (devis, factures, avoirs…)

Mieux vaut opter pour un logiciel qui vous permet de gérer vos devis, vos factures, vos avoirs, le suivi de vos paiements et votre livre de recettes dans une même interface pour éviter de multiplier les outils.

Vérifier la disponibilité du support client et l’accompagnement

Autres points d’importance dans le choix de votre logiciel :

• la disponibilité du support ;

• la présence de guides ou tutoriels ;

• l’accompagnement à la mise en conformité.

Vous serez plus serein pour affronter tous les changements à venir si vous savez que vous pouvez vous adresser à un support/service client.

Vous pouvez bien sûr prendre en compte le prix des différentes solutions, car il y en a pour tous les budgets : de gratuit (mais souvent limité) à plusieurs dizaines d’euros par mois. En bref, ne choisissez pas juste un logiciel « conforme », mais un outil qui améliorera votre gestion. 

👉 Clementine.fr vous propose un logiciel de facturation conforme à la réforme de la facturation électronique.

FAQ