Contrôle fiscal en entreprise : déroulement, risques et sanctions

Dernière mise à jour le 27 juin 2025 · 9 min

Un contrôle fiscal en entreprise peut tomber sans prévenir, même quand tout semble en ordre. Vous vous demandez si votre société est vraiment prête ? Chaque année, des milliers d’entreprises reçoivent un avis de vérification, et beaucoup découvrent à cette occasion des erreurs qu’elles auraient pu éviter. En comprenant les règles et en anticipant les points de vigilance, vous pouvez aborder ce moment avec plus de sérénité.

Découvrez comment se déroule un contrôle fiscal en entreprise, quels documents préparer, quelles erreurs éviter et quelles bonnes pratiques adopter pour aborder cette étape sereinement.

Qu’est-ce qu’un contrôle fiscal ?

Le contrôle fiscal est une procédure officielle menée par l’administration fiscale (DGFiP) dans le but de vérifier la véracité et la conformité des déclarations effectuées par un contribuable, qu’il s’agisse d’un particulier ou d’une entreprise. Cette démarche s’inscrit dans le cadre du système déclaratif français, fondé sur la confiance : le contribuable déclare spontanément ses revenus, mais l’administration se réserve le droit de les contrôler et, si besoin, de les rectifier.

L’objectif principal du contrôle fiscal est de s’assurer que les impôts ont été correctement calculés et dûment acquittés. Pour cela, l’administration confronte les éléments déclarés par le contribuable avec les données dont elle dispose (revenus, patrimoine, comptabilité...).

Le déroulement du contrôle obéit à un formalisme strict : le contribuable est informé de la procédure, peut être amené à fournir des justificatifs, et reçoit, le cas échéant, une proposition de rectification. Tout au long du processus, ses droits sont garantis, notamment le droit à l’information, le droit de réponse et la possibilité de se faire accompagner ou représenter.

Quels sont les différents types de contrôles fiscaux ?

L’administration fiscale dispose de plusieurs moyens pour s’assurer de la régularité des déclarations d’un contribuable. Ces contrôles peuvent être plus ou moins poussés selon la situation, la forme juridique de l’entreprise et les anomalies détectées. Ils se déclinent principalement en deux catégories : le contrôle sur pièces, effectué à distance, et la vérification de comptabilité, menée sur place.

1. Le contrôle sur pièces

Le contrôle sur pièces est effectué à distance, depuis les bureaux de l’administration fiscale, à partir des déclarations et documents déjà transmis par le contribuable (TVA, impôt sur les sociétés, revenus...).

Il est déclenché lorsqu’une anomalie ou une incohérence est détectée : montants inhabituels, erreurs récurrentes, décalage avec les revenus déclarés précédemment… Dans ce cas, l’administration peut adresser une demande de justificatifs (factures, relevés bancaires...). Le contribuable dispose alors d’un délai de 30 jours pour répondre, pouvant être prolongé à 60 jours.

En l’absence d’accord, une proposition de rectification peut être émise, entraînant un redressement fiscal assorti de pénalités. Un recours est toutefois possible, permettant d’ouvrir un dialogue contradictoire avec l’administration.

Ce type de contrôle est courant, rapide, et se clôt généralement sans suite lorsque les justificatifs fournis sont jugés satisfaisants.

2. La vérification de comptabilité

Plus approfondie, la vérification de comptabilité se déroule dans les locaux de l’entreprise. Elle concerne toutes les structures qui tiennent une comptabilité formelle (sociétés, entreprises au réel).

L’entreprise est informée par un avis de vérification, qui précise les années examinées et les droits du contribuable. Elle dispose d’un préavis de 48 heures avant la première visite du vérificateur.

Sur place, l’administration analyse en détail les documents comptables (factures, journaux, relevés bancaires) et exige la remise du fichier des écritures comptables (FEC). Son absence ou non-conformité peut entraîner une amende de 5 000 €.

La durée de la vérification est limitée à 3 mois pour les petites entreprises, sous conditions. À la fin du contrôle, vous recevez soit un avis d’absence de rectification, soit une proposition de redressement, avec la possibilité de contester.

Comment se passe un contrôle fiscal d’une entreprise ?

Le contrôle fiscal est souvent redouté par les chefs d’entreprise, mais lorsqu’on en comprend le déroulement et les enjeux, il devient plus facile de s’y préparer sereinement. Voici ce qu’il faut savoir sur les différentes étapes d’un contrôle fiscal en entreprise.

1. La notification du contrôle fiscal

Tout commence par la réception d’un avis de vérification ou d’un avis d’examen de comptabilité. Ce courrier officiel, envoyé par lettre recommandée avec accusé de réception, informe l’entreprise de l’ouverture d’un contrôle fiscal. Il précise la période vérifiée, l’identité du contrôleur, le type de contrôle prévu (sur place ou à distance) ainsi que les droits du contribuable, notamment celui de se faire assister par un avocat ou un expert-comptable.

En principe, le contrôle ne peut débuter avant un délai minimum de 48 heures, mais un délai d’environ 15 jours est généralement laissé à l’entreprise pour se préparer.

2. La phase de préparation

Dès réception de l’avis, l’entreprise doit réunir l’ensemble des pièces comptables exigées : bilans, comptes de résultat, grand livre, livre journal, factures, relevés bancaires, contrats, justificatifs...

En cas de contrôle à distance, l’administration demandera également la transmission du fichier des écritures comptables dans un délai de 15 jours. Ce fichier, obligatoire pour toute entreprise tenant une comptabilité informatisée, permet à l’administration de reconstituer les enregistrements comptables.

3. Le déroulement du contrôle

Le déroulement du contrôle fiscal varie en fonction de la nature du contrôle engagé. Celui-ci peut s’effectuer à distance ou sur place, selon ce que prévoit l’avis de vérification adressé à l’entreprise.

Dans tous les cas, l’administration examine les documents comptables, s’assure de la cohérence des déclarations fiscales, et peut interroger le dirigeant sur le fonctionnement de l’entreprise. Le contrôle se déroule de manière contradictoire, ce qui signifie que l’entreprise peut s’expliquer sur les éventuelles anomalies relevées au fil des opérations.

4. Une durée variable selon la taille de l’entreprise

Pour les petites entreprises (CA < 840 000 € pour les ventes ou 254 000 € pour les prestations), la vérification de comptabilité est limitée à 3 mois. Pour les entreprises plus importantes, ce délai n’est pas encadré par la loi. À noter que l’administration peut remonter jusqu’à 3 ans en arrière (ou jusqu’à 10 ans en cas de fraude avérée).

5. La clôture du contrôle

Une fois les vérifications terminées, l’administration organise une réunion de synthèse avec le dirigeant. Si aucune irrégularité n’est relevée, un avis d’absence de rectification est envoyé. En revanche, si des anomalies sont constatées, l’entreprise reçoit une proposition de rectification, mentionnant les montants redressés, les pénalités et les intérêts de retard.

L’entreprise dispose alors de 30 jours pour répondre et faire valoir ses arguments, avec la possibilité de demander un recours hiérarchique, de saisir une commission ou, en dernier recours, de porter l’affaire devant les tribunaux.

6. Les droits et garanties de l’entreprise

Tout au long de la procédure, l’entreprise bénéficie de garanties légales : droit à l’information, assistance d’un conseil, respect du contradictoire… Le non-respect de ces droits peut entraîner la nullité du contrôle. Il est donc important de conserver une traçabilité rigoureuse de la procédure et des échanges avec l’administration.

Quels sont les risques et sanctions ?

En cas d’erreurs, d’omissions ou de fraudes avérées, les conséquences peuvent être lourdes, tant sur le plan financier que juridique. Voici les principaux risques et sanctions auxquels une entreprise s’expose en cas de redressement fiscal.

Risques encourus lors d’un contrôle fiscal

En cas d’irrégularités constatées lors d’un contrôle, plusieurs types de redressements peuvent être appliqués.

Il peut s’agir d’un rehaussement de l’impôt (par exemple, une sous-évaluation des revenus ou une surestimation des charges), du rejet de la comptabilité (si celle-ci est jugée non conforme ou incomplète), ou encore de la remise en cause de certains régimes fiscaux avantageux, comme le statut de micro-entrepreneur ou celui de loueur en meublé non professionnel (LMNP).

Dans les cas les plus complexes, l’administration peut procéder à une requalification juridique d’une activité ou d’une société, par exemple en requalifiant une SCI en société commerciale. Enfin, si les seuils réglementaires sont dépassés, certaines structures peuvent être automatiquement soumises à un régime fiscal plus contraignant, comme le passage de l’impôt sur le revenu à l’impôt sur les sociétés.

Sanctions financières applicables

Au-delà du redressement de l’impôt dû, plusieurs sanctions financières peuvent s’appliquer.

Tout d’abord, des intérêts de retard sont automatiquement ajoutés au montant des impôts éludés. Ils s’élèvent à 0,20 % par mois, soit 2,4 % par an.

Ensuite, des majorations de l’impôt peuvent être appliquées en fonction de la gravité des manquements :

• 10 % en cas de simple oubli ou de retard sans volonté de fraude, si le contribuable corrige de lui-même l’erreur

• 40 % en cas de manquement délibéré (c’est-à-dire une volonté manifeste d’échapper à l’impôt)

• 80 % lorsque des manœuvres frauduleuses ou un abus de droit fiscal sont constatés

Certaines infractions entraînent également des amendes spécifiques. Par exemple, le défaut de remise du fichier des écritures comptables, ou la transmission d’un fichier non conforme, est sanctionné par une amende forfaitaire de 5 000 €, ou 10 % du montant redressé, selon le cas.

D’autres amendes proportionnelles peuvent être prononcées, notamment en cas de non-déclaration de comptes bancaires à l’étranger ou de trusts, pouvant aller jusqu’à 1,5 million d’euros.

Risques pénaux en cas de fraude fiscale

Lorsque le contrôle fiscal révèle une fraude caractérisée, l’administration peut engager une procédure pénale en parallèle des sanctions financières. Dans ce cas, les peines sont particulièrement lourdes :

• Jusqu’à 500 000 € d’amende (portée à 3 millions € en bande organisée)

• Jusqu’à 5 ans d’emprisonnement (7 ans en cas de bande organisée)

• Et des peines complémentaires comme l’interdiction d’exercer, la confiscation de biens, ou l’interdiction de gérer une entreprise

Comment limiter les risques d’un redressement fiscal ?

Pour éviter un redressement fiscal, il est important d’adopter une gestion rigoureuse et préventive. Voici les bonnes pratiques à suivre :

• Tenir une comptabilité rigoureuse et conforme : respect des obligations comptables, enregistrement chronologique des écritures, production du FEC en cas de comptabilité informatisée.

• Mettre à jour sa comptabilité régulièrement : saisie fréquente des opérations, rapprochements bancaires, vérification des soldes.

• Émettre des factures conformes : numérotation continue, mentions obligatoires, conservation des duplicatas.

• Respecter les obligations déclaratives : dépôt dans les délais des déclarations de TVA, de résultats (liasse fiscale), de revenus fonciers ou locatifs…

• Payer les impôts et cotisations dans les délais : éviter les pénalités de retard et majorations en cas de non-paiement.

• Choisir le bon régime fiscal : s’assurer que le régime choisi (micro, réel simplifié, réel normal, IS/IR, LMNP…) est adapté à l’activité et au chiffre d’affaires.

• Surveiller les seuils applicables : chiffre d’affaires, recettes locatives, franchise en base de TVA, ... pour éviter un basculement automatique vers un régime plus contraignant.

• Corriger spontanément les erreurs : déposer une déclaration rectificative ou effectuer une régularisation dès qu’une anomalie est détectée.

• Conserver les justificatifs pendant 10 ans : factures, contrats, baux, relevés bancaires, devis, courriels..., pour prouver la réalité des opérations.

• Documenter les choix fiscaux : conserver les éléments qui justifient les options retenues (ex. passage à l’IS, évaluation d’un bien, option pour le régime réel).

Afin de sécuriser votre situation fiscale et de prévenir tout risque de redressement, il est vivement recommandé de solliciter l’accompagnement d’un expert-comptable ou d’un avocat, dont l’expertise permet d’assurer la conformité et la pertinence de vos choix.

FAQ

Quel est le but d’un contrôle fiscal ?

Le but d’un contrôle fiscal est de vérifier la sincérité et la conformité des déclarations d’un contribuable avec la législation fiscale, afin de détecter d’éventuelles erreurs ou fraudes et de redresser, si nécessaire, les impôts dus.

Qu’est-ce qui peut déclencher un contrôle fiscal ?

Un contrôle fiscal peut être déclenché par des incohérences dans les déclarations, un chiffre d'affaires anormal, des erreurs répétées, des dénonciations ou un secteur à risque.

Qu’est-ce que le droit à l’erreur pour les impôts ?

Le droit à l’erreur permet aux contribuables de corriger une erreur de bonne foi dans leurs déclarations fiscales sans sanction, ni intérêt de retard, s’ils régularisent spontanément ou après un premier contrôle, sauf en cas de fraude ou récidive.